Решил проблему добавив «хромакей» и убрав его. Подозреваю, что блэндер сохраняет альфу, предположим, в 8 битах, вот почему у меня низкая прозрачность убиралась. Спасибо за совет, про OpenEXP даже и не знал, довольно интересный формат.
В фотошопе такая-же история. Чуть позже попробую заново отправить скриншоты чтобы лучше было видно. В редакторе и в фотошопе выбран RGBA, но блик по центру проподает. Но на скриншотк плохо видно. Надеюсь при повторной отправки всех скринов как отдельные файлы а не как один целый лучше будет видно.