Такое бывает при экструдировании. Избегать можно следующим образом:
Создаешь одну кость на всю ногу и затем один раз подразделяешь ее (W > Subdivide). Ну и желательно включить отображение их осей при создании скелета. Тогда сразу будет видно, что оси не совпадают и их можно будет повернуть (Roll).
Спасибо, Артём. Я разобрался почему оси отображались неправильно. У меня их отображение стояло на Local, а не Global, значит проблема была не в этом.
У меня основная проблема в том, что на готовом примере модели коленка гнётся без отклонений вправо влево, а поворачивается при помощи дополнительных костей, вот правильно работающий вариант(Кости для отклонений ног помечены красным):
А вот мой вариант:
Как видно в моём примере коленка уходит в сторону, хотя по идее не должна.
А в готовом, все окей.
Вот ссылка на Blend File:
Мой
Готовый