сам толком не разобрался, но я как понял в порядке расположения модификатора
Порядок модификаторов всегда играет роль. Иногда этого просто не видно, но так так как работают они по принципу стека, роль в их порядке есть.
Опуская Subsurfe ниже замечается увеличение количества частиц, но неравномерность связана скорее с группами вершин. Вес по козе распределен не равномерно (какая-то диагональная линия) и из-за этого возможно увеличенное количество частиц в определенных местах.
В общем нужно изначально определится с порядком модификаторов, чтобы потом не менять, а затем настраивать систему частиц (сначала для всего меша, чтобы все было равномерно) и лишь в конце указать в каких местах должна быть шерсть.