Ответ в теме: Не плоский полигон
Каждый полигон состоит из треугольников, в идеале куб выглядит так:
Когда ты добавил вершину на ребро он стал выглядеть так:
Когда переместил ее, вот так:
Так, что все что ты видишь во вьюпорте такое каким и должно быть, из-за того, что квадратный полигон состоит из 2х треугольников и рекомендуется все вершины полигона располагать примерно в одной плоскости