В итоге получилось решить проблему такими настройками:
grid’а — 
и snap’а — 
Большое значение subdivision привело к тому, что мелкая сетка хоть и не видна, но по факту работает и позволяет двигать вершины, ребра и т.д. с шагом 0.01. На картинке видно, что длины всех рёбер достаточно круглые и их легко выравнивать. Правда все прочие операции (knife, extrude, subdivision и т.д.) эту красоту нарушают и приходится периодически выделать все вершины и делать «Shift-S»->»Selection to grid».
А вот что делает настройка User Preferences->Interface->Minimum Grid Spacing — я так и не понял, никакого влияния от её изменения не заметил.