1) Текстуру нужно отдельно указать/загрузить в настройках модели на самом Sketchfab. Запекать не нужно.
2) Удаляй их с зажатым Shift (Shift + клик на крестик), сохранись, закрой файл и заново открой. Ничего лишнего не будет.
3) С окнами не понял в чем проблема. С ними можно делать все что угодно. При чем ты сам стрелочкой показал на то место, с помощью которого они закрываются. Посмотри мой курс по основам. Там я окнам целый урок выделил.
