Артем, добрый вечер!
Ни черта не получается. Я посмотрел урок — в принципе, понятно. Но сложно. Решил идти по первому из предложенному Вами пути и создать несколько материалов:
Один общий для всех кубиков
Один с одной текстурой
Один с другой текстурой
Проблема такая: делаю Assign материала «Один общий для всех кубиков» для всех фейсов кубика. Прекрасно. Но я знаю, что одному фейсу можно назначить только один материал. Соответственно, переназначив (с помощью того же Assign) материал «Один с одной текстурой» для нужных фейсов, получаю вполне предсказуемый результат: весь кубик оранжевый, а на фейсах с текстурой — текстура на черном фоне (потому что текстура с альфой и под альфой нет никакого материала).
Я понимаю, что у меня дыры в самых основах материаловедения Блендера. :) Но если есть секунда — посмотрите исходник. Возможно, подскажете, куда «копать» далее.