Ответ в теме: Текстуры со всех материалов в 1 текстуру

[Артем Слаква]

Создать еще одну развертку (UV Smart), добавить нод Attribute, указать в нем название этой смарт развертки и подключить его выход Vector к одноименному входу нода Image Texture.

Запекание произойдет на новую развертку.