Вариантов два:
Либо у тебя включена синхронизация юви (при выделении точек на проекции выделяются и вершины на модельке, и наоборот) и ее достаточно выключить. Скриншот
Либо у тебя находится вершина в вершине и ты их обе выделяешь при помощи любого инструмента для выделения. Попробуй выделить лишь одну вершину через пкм. Но скорее всего, проблема заключается в синхронизации юви.
