Возможно ты включаешь auto merge например,что бы при экструдировании одной грани сквозь другую, появлялась вершина и (разрезала). Если со включенной этой функцией (и некоторыми её настройками) в режиме редактирования помещать одни грани близко к другим, они соединятся в одну, в высокополигональных моделях может стать проблемой, если вовремя не заметить…