Отвечаю на свой же вопрос. Так и не победил эту гадость. Пришлось делать бэйкинг для каждого тайла отдельно. А потом вставлять каждый тайл в общую юдим. Правда сабстенс все равно из текстуры взял только последнюю запеченную, подумав, что тайл один. Пришлось и в сабстенс каждую текстуру отдельно назначать. Надеюсь в следующих версиях, что нибудь придумают. Либо я все таки что то не доглядел.
