В EEVEE по умолчанию для всех объектов отключена прозрачность, преломления и прочие прелести реального мира. Объект расценивает как не прозрачный, даже с шейдером Glass (Opaque). Прозрачность нужно включать для всех материалов индивидуально в настройках материала.
