Нашел решение своей проблемы.
В общем проблема заключается в том что Blender при использовании Armature Deform просчитывает значение веса для всех костей формирующих скелет.
Если скелет имеет в себе более чем одну кость, Blender будет просчитывать «натяжение» меша по скелету относительно всех костей.
То есть если мы создаем привязку с пустыми группами, при установки любого значения веса для вершин только на одну кость, Blender будет воспринимать любое значение как 1, за счет того что нет сопротивления от других костей.
Соответственно в случае с автоматической генерацией все куски меша будут задействованы ближайшими к ним костями.
Что бы понять как Blender воспринимает значение веса для Vertex группы, можно воспользоваться функцией Normalize All, вызвать которую можно в Edit и Weight Paint режимах, на левой панели (Tool Shelf — T), В категории Weight tools.
После использования данной функции Blender присвоит мешу значения весов согласно своим подщетам, которые не доступны пользователю через Viewport.
Подробнее с данной ситуацией и функцией можно ознакомиться здесь:
