Ответ в теме: Запекание в Cycles с hi-poly на low-poly
столкнулась с такой же проблемой: в BI все нормально, в Cycles текстура запеклась не вся.
может это будет для кого-то актуально.
Все дело оказалось в вывернутости нормалей.
BI показывает, что нормаль вывернута, если стоит 1 источник света, если ставить 2 на противоположных друг другу сторонах, то запекание нормально проходит.
Cycles даже при 2х источниках света показывает после запекания, что нормали вывернуты(черные полигоны).
так что проверь нормали и выставелние света.
приложила скрин, где я делала в Cycles и BI.