На сколько будет серьезна ошибка, когда на каких-нибудь сложных сгибах вершины прямоугольных полигонов находятся в разных положениях так, что полигон уже находится не в одной плоскости?
Не критично. Полигоны (четырехугольники) в 90% случаев лежат не в одной плоскости, особенно при моделировании чего-то органического.
может есть какой способ, что бы это исправить не теряя формы модели?
Выровнять полигон не теряя форму? Фантастика? Мистика?
Выровнять все полигоны: Mesh > Clean Up > Make Planar Faces