Ничего не знаю насчет лагов в игре (опять же, движка даже не знаю), но то что ты говоришь, как минимум не логично. Модель чиста, ты ее экспортируешь, а когда возвращаешь назад, она с пометками. Откуда же они тогда берутся?
И да, а зачем возвращать назад модель (обратно импортировать из FBX)?