При просчёте на GPU тормоза интерфейса даже больше, чем на проце. Связанно с особенностями обработки CUDA на GPU. Фактически GUI в этом режиме обрабатывается по остаточному принципу. Так что это нормально. Про CPU соглашусь с Артёмом. Если хочется ещё что-то делать, то освободить одно ядро самое оно. Его хватит для повседневных задач.