как сделать полностью симметричное отражение всех костей со всеми настройками и связями.
А как же он тогда их отражает?
Анимация робота-собаки (часть №2)
Риггинг низкополигонального динозавра в Blender
можно ли автоматически выровнять положение костей, относительно самого меша, что бы не настраивать вручную параметр Roll для каждой кости.
Нет. Самостоятельно ригг никогда настраивается не будет (во всяком случае ближайшие 20 лет).