Существует ли возможность явным образом указать, что при создании Bridge между двумя петлями я хочу, чтобы между вот конкретно этими двумя вершинами было проведено ребро одной из создаваемых граней?
Нет :)
Для конкретных вершин только ручное создание ребер. На работу инструмента Bridge Edge Loops повлиять невозможно. Лишь опция Twist позволит изменить порядок соединения вершин, но, скорее всего, результат вас не удовлетворит.