Ну что ж, такое бывает… Представляешь себе одно, а по факту получается совсем другое.
Определение модификатора:
Модификатор модифицирует геометрию, а не изменяет ее. Если тебе куб больше не нужен, то нажми кнопочку Apply и останется голова с кучей вершин.