Однако к каждой модели (объекту) помимо назначенного ей материала привязано несколько материалов от базовой. У самой базовой (первой) модели материал продублирован 4 раза. Удаление их во второй и третьей модели приводит к удалению и в первой.
Сделай эти материалы уникальными. Конечно же, если несколько моделей будут использовать один материал, то его удаление удалит его со всех моделей.