Не нужно их применять. С ними даже лучше (больше гибкости).
Правил никаких нет до тех пор, пока делаешь это для себя. Если же модель, например, для игрового движка, то тут конечно же правило одно — нужно применять. А если просто рендер, то тебе будет проще работать с базовой геометрией, а не всем тем, что генерируется модификаторами.
