Такое бывает при экструдировании. Избегать можно следующим образом:
Создаешь одну кость на всю ногу и затем один раз подразделяешь ее (W > Subdivide). Ну и желательно включить отображение их осей при создании скелета. Тогда сразу будет видно, что оси не совпадают и их можно будет повернуть (Roll).
