Ответ в теме: Применить вращение в BGE python

[Артем Слаква]

Попробуй сначала повернуть:

bpy.ops.transform.rotate(axis=(0.7, 0.6, 0.2))
А уже потом применить вращение (как это и делается при стандартной работе):

bpy.ops.object.transform_apply(location=False, rotation=True, scale=False)