Что и требовалось доказать:
топология проблемного куба отличается от предыдущих
На изображении в режиме Rendered я удилил «проблемный куб» и продуюлировал его соседа.
На нижней части в режиме Wireframe Ваш. Не трудно найти отличие левого куба от трех предыдущих.
Из-за неравномерной топологии черные пятна были результатом работы Smooth шейдинга.