Трудно ответить на твой вопрос, не зная как кости связанны, как ты настраивал IK, ограничители и т.д.
Чтобы подобных казусов не возникало, нужно сначала применять кости к мешу, а если все нормально, допиливать IK, ограничители и что там еще захочется.