Конечно нужно исходить из задачи, то есть для чего делается модель. Но в любом случае пересечение отдельных частей геометрии одного меша это допустимо и даже приветствуется. По скольку это сэкономит полигоны. И плохого от этого ничего не будет. Единственное — при запекании могут быть небольшие артефакты, и то зависит от ситуации, но и это нормальная практика. Это исправляется, как правило просто отдельные части геометрии разносятся подальше перед запеканием. Копию делают чтобы потом обратно все не собирать.
