Решение следующее — в режиме edit костей, выделяем все кости — А, потом упорядочиваем — Ctrl+N (Roll).
После этой процедуры может показаться, что кости как попало остались. Если это так, то двигаем этими костями, т.е. ставим объект в некую позу. Фиксируем (не перосто подергали и харе). После этого возвращаем оригинал к первоисходному состоянию — Atl+R (возвращаем ротейшн), Atl+G (теперь трансформ) и Atl+S (если меняли объем нечаянно).
Объект должен получиться с нормальными неразнонаправленными осями костей.